在制藥行業中，為了保障藥品的質量，藥企對車間內部生產環境污染的潔凈度以及溫濕度都有極高的要求。
醫藥工業潔凈廠房設計對制藥廠GMP車間高效過濾器的要求有著重要的影響。按生產工藝的要求的不同，醫藥工業廠房可以劃分為一般生產區和潔凈區兩大類。
其中，《醫藥工業潔凈廠房設計規范GB/T14294-1993》中規定潔凈室潔凈區空氣潔凈度100級、10000級區域一般控制溫度為20～24℃，相對濕度為45～60%平；100000級區域一般控制溫度為18～28℃，相對濕度為50～65%；非單向流潔凈室總送風量的10～30%，單向流潔凈室總送風量的2～4%；保證室內每人每小時的新鮮空氣量不小于40m3；潔凈室必須維持的正壓。
此外，醫藥工業潔凈廠房的空氣潔凈度的潔凈區之間以及潔凈區與非潔凈區之間的靜壓差不應小于5Pa，潔凈區與室外的靜壓差不應小于10Pa。
業內表示，醫藥工業潔凈室與其它工業潔凈室有所不同，還在于無菌生產制劑及原料藥品生產，不僅要控制空氣中一般懸浮狀態的溶膠粒子，還要控制活微生物數，即提供“無菌藥品”生產所必須的相應空氣潔凈度環境(無菌室)。因此，醫藥工業廠房中空調系統還要通過殺菌、除菌、消毒等方式將微生物控制在規定的標準內。相關的殺菌、消毒設備也顯得尤為重要。
